از طرف دیگر، با بهره گرفتن از اطلاعات مربوط به هزینه واحد که در بودجه عملیاتی محاسبه می شود، می توان بهبود عملیاتی را بر حسب کاهش هزینه واحد ارائه خدمات نیز بیان کرد. تجربه نشان می‌دهد، این نحوه استفاده از بودجه عملیاتی در دستگاه های اجرایی، می‌تواند انگیزه مدیران برنامه ها را برای یافتن روش های مبتکرانه به منظور تحقق اهداف با هزینه کمتر، تقویت کند. این امر به ویژه در مواردی که پاداش مدیران بر مبنای عملکرد آنان تعیین می شود، بسیار مؤثر است.
یک بودجه عملیاتی، همچنین اطلاعات مقایسه ای مفیدی را تولید می‌کند که با بهره گرفتن از آن می توان عملکرد واحدهای دستگاه های مختلف یا مناطق گوناگون را با یکدیگر مقایسه کرد و با شناسایی واحد هایی که هزینه واحد فعالیت های آن ها پایین تر است، تجارب موفق آن ها را در اختیار سایر واحد ها قرار داد، و بدین وسیله کارایی کل سیستم دولتی را افزایش داد. مدیران برنامه ها نیز می‌توانند از این اطلاعات برای درک بهتر عملکرد و عملیات برنامه ها استفاده کنند.
از طرف دیگر، بودجه ریزی عملیاتی تصمیم گیری درباره تأمین خدمات از طریق پیمانکاران بخش خصوصی را تسهیل نموده و به مدیران امکان می‌دهد تا در این زمینه با آگاهی و اطلاع بیشتری تصمیم بگیرند. مدیران سازمان های دولتی باید از هزینه کل یک فعالیت (شامل تمام هزینه های مستقیم و سربار) و نیز میزان نتایج حاصله در وضعیت موجود، آگاهی داشته باشند تا بتوانند در مورد قیمت خرید خدمات با پیمانکاران به توافق رسیده و تصمیم صحیحی در مورد تأمین برخی از خدمات بیرون از سازمان خود بگیرند. بدین ترتیب، می‌توانند درباره تأمین برخی از خدمات از پیمانکاران، که موجب کاهش هزینه کل ارائه خدمات به شهروندان می شود تصمیم بگیرند، و از این طریق عملکرد برنامه را بهبود ببخشند.
استقرار یک سیستم بودجه ریزی عملیاتی مؤثر که ارتباط میان بودجه و عملکرد را برقرار نموده و راهنمای مفیدی برای عملیات روزمره سازمان ها در جهت رسیدن به اهدافشان باشد، نیازمند صرف زمان و برخورداری از بینش و قدرت رهبری است و چالش های متعددی در این مسیر وجود ندارد( پناهی،۱۳۸۶: ۵۱).
تعریف فعالیت های تشکیل دهنده برنامه، یکی از نخستین چالش های مهم برای هر سازمانی است. برای تعریف فعالیت ها باید تصمیماتی اتخاذ شود(مثلاً این که فعالیت ها در در سطوح کلی تعریف شوند یا جزء به جزء). این امر بدان بستگی دارد که برای مدیریت پاسخ گویی در قبال نتایج، در چه سطحی از جزئیات مورد نیاز باشد. زیرا با استقرار نظام بودجه ریزی عملیاتی که فعالیت ها را به اهداف مرتبط می‌سازد، مدیران ممکن است نیاز به ترکیب، تقسیم یا تعریف دوباره فعالیت ها پیدا کنند.
شناسایی هزینه فعالیت ها نیز فرآیندی پیچیده و مستلزم صرف زمان و انرژی قابل ملاحظه ای است. دستگاه های اجرایی باید قبلاً مقدمات این کار را با ایجاد سیستم حسابداری مناسب به وجود آورده باشند.
یک چالش عمده دیگر در این مسیر تعریف شاخص های عملکردی است که از طریق ارتقاء سیستم های اطلاعاتی مالی و مدیریتی، ممکن است. تعیین اهداف برای خروجی های برنامه، هزینه واحد و نتایج به دست آمده از برنامه در بودجه عملیاتی فقط بخشی از راه حل است. مهم تر از آن، فراهم کردن اطلاعات معتبر و به موقع در خصوص عملکرد برنامه در طول سال است.( پناهی،۱۳۸۶: ۵۲)
به طور خلاصه می توان مزیت های ذیل را برای این شیوه بودجه ریزی برشمرد:
-
- افزایش پاسخ‌گویی عمومی: اگر چه بسیاری از دولت ها دسترسی به اطلاعات عملکرد خود را امکان پذیر می‌سازند، اما در ورای بحث های سیاسی، اطلاعات عملکرد منتج از بودجه ریزی عملیاتی می‌تواند به شیوه های مختلف، نظیر اسناد بودجه ای، برنامه های استراتژیک و گزارش های عملکرد به اطلاع عموم برسد.
- مدیریت برای عملکرد بهتر: اطلاعات عملکرد، بیشتر مورد استفاده مدیرانی است که مایلند کارایی عملیاتی برنامه ها و فرآیندهای کاری خود را افزایش دهند. تشویق مدیران به استفاده از بودجه ریزی عملیاتی، مستقیم ترین پیوند میان اطلاعات عملکرد و افزایش کارایی وکیفیت خدمات است. این رویکرد با استفاده های منفی از اطلاعات عملکرد، از جمله استفاده برای تنبیه و مجازات یا پاداش فردی که خطر تشویق قانون گریزی یا سوء استفاده از سیستم به جای بهبود عملکرد را در پی دارد، تفاوت دارد.
شاخص های کارایی، حجم کار، کیفیت خدمات و رضایت مشتری شاخص هایی هستند که برای بهبود عملکرد برای مدیران ارزش زیادی دارند. این شاخص ها را می توان برای تعیین اهداف عملکرد و طراحی راهبردهایی برای نیل به این اهداف، ردگیری عملکرد در طول زمان، مقایسه عملکرد با عملکرد سازمان های دیگر، و انعقاد قراردادهای مبتنی بر عملکرد بین کارکنان دولت و بخش خصوصی به کار برد.
-
- بهبود نحوه تخصیص منابع: در بودجه ریزی عملیاتی، تخصیص منابع با شاخص های عملکرد مرتبط می شود. مرتبط ساختن برنامه ریزی استراتژیک به تخصیص منابع یکی از الزامات اصلی تخصیص منابع بر مبنای هدف است. سازمان ها باید شاخص های عملکرد و اهداف استراتژیک را در بودجه های پیشنهادی خود ارائه دهند. این شیوه به تصمیم گیران در زمینه تخصیص منابع در بین سازمان ها کمک می‌کند و مستلزم آن است که تحلیلگران بودجه، ضرورت بودجه درخواستی هر سازمان، رابطه آن با اولویت های برنامه استراتژیک سازمان، اهمیت آن برای اهداف سیاست های دولت، و خطرات یا میزان عدم قطعیت برآورد هزینه ها را بررسی کنند. این رویکرد تضمین می‌کند که همه پیشنهادهای بودجه ای با بهره گرفتن از معیارهای یکسان تحلیل شوند و اهمیت نسبی آن ها در نظر گرفته شود.
-
- در برگرفتن کلیه سطوح مدیریت: بودجه ریزی عملیاتی یک فرایند پیشرونده می‌باشد که همه مدیران در یک سازمان را از بالاترین سطح تا مدیران برنامه وبخش در بر می‌گیرد. این فرایند شامل یک حلقه بازخورد می‌باشد که اطلاعات مناسبی را در اختیار مدیران ارشد قرار می‌دهد تا بهتر به مدیریت فعالیت ها بپردازند.
-
- یک ابزار تشخیص ارزشمند ارائه می‌دهد: بودجه ریزی عملیاتی یک ابزار تشخیص ارزشمند برای توسعه درک هماهنگی بین منابع به کار رفته و عملکرد می‌باشد. مسئولان برنامه فرصت بررسی تعامل ظریف بین منابع و نتایج دلخواه را خواهند داشت. این موضوع واقعاً مدیریت کلی برنامه را بهبود می بخشد.
-
- به توجیه بودجه کمک می‌کند: یک بودجه عملیاتی اثربخش، شفافیت بیشتری را به عملکرد عملیاتی برنامه نسبت به بودجه ریزی سنتی می‌دهد. بودجه ریزی عملیاتی با بهره گرفتن از مقیاس های واضح هزینه کلی فعالیت را به عنوان مبنایی برای چارچوب ستاده های برنامه و اهداف عملکرد می سنجد و ابزار ارزشمندی برای بررسی چگونگی تاثیر تغییرات در مخارج بر نتایج تأمین می‌کند.